文献管理ソフトは文字通り、①文献を管理する側面と②参考文献リストの作成の2つの側面があります。1つ目の文献管理ソフトとしての選択基準としては 無料かどうか、UIの使いやすさ、メモやタグ機能、検索性、PC間の同期、スマホタブレットアプリ対応（Mendeleyは最近アプリ廃止）が挙げられると思います。2つ目の参考文献リストの作成の選択基準については対応する雑誌の引用スタイルの多さがあげられると思います。

文献管理ソフトには複数種類があります。選択にはこちらの比較記事を参考にしてみてください。

https://note.com/sdeso/n/ndaf538c5a388

https://lenia23.hateblo.jp/entry/2019/05/26/205139

一度文献管理ソフトは使い始めるとライブラリの引越しが面倒なのでいくつか試してから使ってもよいかもしれません。

私はMendeley, ReadCube, Endnoteを使用したことがあり結局Mendeleyを使っています。メモ機能が貧弱なのが玉に瑕ですが、無料の文献管理ソフトの中ではシェアは大きく、他に不満はありません。

Mendeleyの基本的な使い方はこちらからどうぞ。

https://www.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0010/794692/mendeley_qrg_japanese.pdf

https://youtu.be/yLOCSR24gfA?list=PL5409971734873D19

Endnoteは2018年以前は整形外科のIF〜2点の雑誌は引用スタイルが対応していないものが多く、引越しの労力を考えて移行は断念しましたが、現在、対応雑誌は増えているようです。お金に余裕のある先生はEndnoteが定番で間違いがないと思います。

2022.12.31追記

Mendeleyは2022年8月31日(水)をもってデスクトップ版の新規インストールを終了しています。
インストール済みのデスクトップ版は今後も利用できますが、将来的にデスクトップ版は利用できなくなる予定とのことです（時期は未定です）。Web版も利用できますが新規導入は見送って現在使用中の方は乗り換えを検討した方が良いように思います。

Mendeleyからの乗り換え先を考える